เมื่อวันที่ 29 ก.ย. ผู้สื่อข่าวรายงานว่าพรรคเพื่อไทยได้มีคำแถลงพรรคเพื่อไทยเรื่อง ขอให้หัวหน้าคณะรักษาความสงบแห่งชาติ(คสช.) เลิกชี้นำกระบวนการยุติธรรม ตามที่ได้ปรากฏจากคำให้สัมภาษณ์ของพล.อ.ประยุทธ์ จันทร์โอชานายกรัฐมนตรี และหัวหน้าคสช. เกี่ยวกับการดำเนินคดี และการเรียกให้รับผิดทางแพ่งกับผู้ต้องรับผิดในโครงการรับจำนำข้าว อันมีลักษณะของการชี้นำการปฏิบัติหน้าที่ของเจ้าหน้าที่ที่เกี่ยวข้องและชี้นำการพิจารณาคดีของศาล และยังได้อาศัยรัฐธรรมนูญฉบับชั่วคราว มาตรา 44 พิพากษาคดี ออกคำสั่งหัวหน้า คสช.เพื่อเปลี่ยนแปลงขั้นตอนทางกฎหมายปกติ ล่าสุดท้ายได้สัมภาษณ์ต่อสาธารณชนโดยเปิดเผยจากกรณีที่นายบุญทรง เตริยาภิรมย์ รมว.พาณิชย์ ได้ระบุว่าจะฟ้องตนเองว่า “ก็รอจากตอนที่ตัวเองออกจากคุกมาก่อนแล้วกัน ไปเอาคดีตัวเองให้จบก่อนมาฟ้องผม” นั้น
พรรคเพื่อไทยเห็นว่า หัวหน้าคสช. เป็นผู้คุมอำนาจเบ็ดเสร็จในการปกครองประเทศ โดยมีอำนาจพิเศษตามมาตรา 44 และเป็นนายกรัฐมนตรี ซึ่งเป็นหัวหน้ารัฐบาล การกระทำใดๆย่อมมีผลต่อการทำหน้าที่ขององค์กรต่างๆ เหล่านั้น การพูดในลักษณะให้นายบุญทรงออกจากคุกมาก่อน ทั้งที่คดีนี้มีการฟ้องร้องนายบุญทรงยังอยู่ระหว่างการพิจารณาคดีของศาลนั้น เป็นกรณีที่อาจทำให้เกิดความเข้าใจว่าเป็นการพูดชี้นำผลคดีไว้ล่วงหน้า นายบุญทรงจะต้องถูกศาลตัดสินให้จำคุกอันถือเป็นการก้าวล่วงอำนาจการพิจารณาพิพากษาคดีของศาลซึ่งต้องเป็นไปโดยอิสระ ถูกต้อง และเที่ยงธรรม จึงเห็นได้ว่าการดำเนินการของหัวหน้า คสช. มีลักษณะของการหวังผลไว้ล่วงหน้าว่าผู้ที่เกี่ยวข้องจะต้องถูกศาลพิพากษาให้จำคุก และจะต้องให้รับผิดชดใช้ค่าเสียหายทางแพ่งให้ได้ จึงขอเรียกร้องให้พล.อ.ประยุทธ์ ได้ยุติการกระทำใดๆ อันจะมีผลให้การบังคับใช้กฎหมายของเจ้าหน้าที่รัฐมิได้เป็นไปตามขั้นตอนของกฎหมายปกติด้วยความสุจริต ถูกต้อง และเที่ยงธรรม และยุติการก้าวก่าย แซกแทรง หรือชี้นำการพิจารณาพิพากษาคดีของศาลด้วย